PROYECTO

NOMBRE:Rutas Metabólicas y Supercómputo
RESPONSABLE:Liliana Margarita Félix Ávila
FINANCIADO POR:FAI-UASLP
MONTO:$39,500.00
VIGENCIA:05/2010 - 05/2011
LÍNEA DE INVESTIGACIÓN:Sistemas Inteligentes
DESCRIPCIÓN:Una química artificial es una herramienta utilizada para modelar computacionalmente sistemas bioquímicos, como lo son las rutas metabólicas. Esta herramienta está enfocada a contestar preguntas cualitativas más que cuantitativas sobre el sistema. Una química artificial consiste en objetos, reglas y la definición de la dinámica del sistema.

Desgraciadamente, una química artificial definida por un conjunto de moléculas y un conjunto de reacciones químicas es a menudo exponencial en el tamaño de estos conjuntos. Por tanto, las químicas artificiales son solamente conocidas para pequeñas instancias, esto es, involucrando solamente unas pocas docenas de moléculas y reacciones químicas.
Por otro lado, el cómputo de alto rendimiento es una herramienta que permite desarrollar investigaciones complejas, de hecho, es la única herramienta que permite el procesamiento simultáneo de grandes volúmenes de información.

De esta manera, los grandes volúmenes de información involucrados en una química artificial, pueden ser manejados y procesados a una gran velocidad utilizando cómputo de alto rendimiento. Lo anterior sugiere resultados importantes en la revelación de nuevas rutas puesto que el tamaño de la química artificial será mayor a las conocidas actualmente.

Algunos de los beneficios proporcionados por el modelado computacional de rutas metabólicas son: la predicción de moléculas difíciles de obtener de otra manera, mayor rapidez en la obtención de resultados y la salvaguarda del medio ambiente. En los dos primeros casos, el beneficio redunda en el nivel económico pues la experimentación in vitro es, en general, más costosa que la experimentación in silico. Mientras que en el segundo caso, el beneficio redunda en la preservación del medio ambiente. Dados estos beneficios, se hace necesario desarrollar nuevas herramientas computacionales para modelar rutas metabólicas o mejorar las herramientas existentes.

Por lo anterior, este proyecto está enfocado a la reconstrucción de rutas metabólicas caracterizadas por químicas artificiales utilizando cómputo de alto rendimiento.
PARTICIPANTES UASLP:Juan Carlos Cuevas Tello
PARTICIPANTES EXTERNOS:Francesc Rosello (Biología Computacional y Bioinformática, Universidad de las Islas Baleares)
Alejandro Mora Morales (Facultad de Ciencias)